São duas atualizações prestem muita atenção na descrição de cada uma.
S1001 V1.09.13900 ( E )
Essa versão (E) é para aqueles que usavam a atualização corretiva do S1001 V1.09_13701
S1001 V1.09.13900
Já aversão S1001_V1.09.13900 é para atualizar quem usava a versão S1001_V1.09.13701 ou anterior.
O objetivo é que todos façam o upgrade para a versão final S1001_E_V1.09.13900, para ter futuros recursos que vem por ai.
Obs: O uso dessa atualização não permite voltar a versões anteriores pelo USB
Você só volta para alguma anterior fazendo RECOVERY RS232
Não se preocupe se algumas dessas 2 atualizações der o erro durante a atualização, pois a outra vai funcionar.